根據實驗室廢水中所含主要污染物的性質，可以分為有機廢水、無機廢水和含病原微生物廢水。其中無機廢水中含有重金屬、重金屬絡合物、酸堿、硫化物、氰化物以及其它無機離子等；有機廢水中含有常用的有機溶劑如有機酸、酚類、醚類油脂類等物質；含病原微生物實驗廢水主要是生物實驗室化驗廢水、解剖臺沖洗廢水等。

根據實驗室廢水中所含污染物的主要成分來分類，可以分為酸性廢水、堿性廢水、重金屬廢水、含酚廢水、鹵類廢水等。　

根據實驗室廢水中污染物含量的不同，可以分為高濃度實驗廢水、低濃度實驗廢水和無污染水。其中高濃度實驗廢水一般包括液態(tài)失效試劑、液態(tài)實驗廢棄物或中間產物、各種洗滌液；低濃度實驗廢水包括實驗儀器、實驗產物的低濃度洗滌廢水和實驗室各項保潔衛(wèi)生用水；無污染水則包括實驗過程中用到的冷卻水、水浴及恒溫等加熱用水、其它清潔用水等。